Willkommen zurück bei Rapture. Das wiedergeborene Paradies. Tief in der zerstörten Unterwasserstadt Rapture wartet deine geliebte kleine Schwester Eleanor auf deine Rückkehr. Als ihr Big Daddy hast du sie vor einer Welt wahnsinnig egoistischer Erwachsener beschützt, jetzt musst du sie wieder vor denen schützen, die verlangen, dass alles geteilt werden muss. Zehn Jahre nach den Ereignissen von BioShock ist Rapture unter die Kontrolle eines kollektivistischen Kults geraten, der plant, Eleanor in einen gentechnisch veränderten Messias zu verwandeln, der der Individualität für immer ein Ende setzen wird. Um sie zu retten, musst du eine einzigartige Kombination aus Schießen, Rollenspiel und Schleichen einsetzen, während du durch die undichten Hallen von Raptures wütest, um ihre Entführer zu konfrontieren. Egal, ob du dich entscheidest, denen zu vergeben, die Eleanor bedrohen, oder Rache an ihnen übst, denke daran, dass sie immer wachsam ist und deinem Beispiel folgen wird.