L’action à la première personne explose sur le Macintosh dans Duke Nukem 3D Atomic Edition alors que le héros irascible défend la race humaine en pilonnant les extraterrestres dans 39 niveaux de chaos et de carnage non-stop. Avec un arsenal mortel de pistolets, de fusils de chasse, de grenades, de mitrailleuses, de mines, de canons, de bombes et plus encore, Duke Nukem court, nage, vole (jetpack), rampe et saute à travers quatre épisodes : LA Meltdown, Lunar Apocalypse, Shrapnel City et The Birth. Quatre niveaux de difficulté permettent aux joueurs de se plonger dans l’action ou d’attaquer avec toutes les armes à feu dès le début alors que Duke rencontre des tremblements de terre, des gratte-ciel, des canyons, des égouts et plus encore. Les niveaux sont fortement peuplés d’objets pour améliorer ou améliorer la santé (kits médicaux, armures) et l’équipement (jetpack, lunettes de vision nocturne, stéroïdes, bottes, équipement de plongée et cartes-clés), ainsi qu’un large éventail d’ennemis et de personnages. Des soldats d’assaut et des capitaines, des flics cochons, des chars, des drones, des patrouilles de reconnaissance, des Octabrain, des Protozoids Slimers, des hommes de main et bien d’autres se cachent dans les nombreux niveaux qui attendent le contact spécial de Dukes. Le multijoueur DukeMatch peut accueillir jusqu’à huit concurrents via LAN ou Internet, ainsi qu’un match de modem à deux joueurs. Une option de faux multijoueur permet aux solistes de jouer contre un à sept joueurs contrôlés par l’ordinateur avec une IA réglable pour des défis ultimes. Duke Nukem 3D Atomic Edition prend en charge la souris, le joystick, la manette de jeu et les commandes du clavier.